インストール JAGS 4.x for Mac

著書「Doing Bayesian Data Analysis」を読み直しているが、昨日から MCMC に入った。「そろそろ JAGS 環境を準備しなきゃ」と思い実施した。数ヶ月前に R をバージョンする前に、以前の R 環境は全て削除したのだ。

結論から言えば、以下のように環境は構築できた。1 時間以上は無駄にしたけど...。

構築した先の Mac OS X は Yosemite 、El Capitan にできていないのは NTT の対応の悪さ。Mac Book Air を El Capitan にしてから、ムカつきは徐々に増している。捨てちまおうかな NTT のカードリーダーなんて。世界的には Mac 対応は普通なのですよ。日本だけにしがみつく NTT なんて＊＊＊しちまえっ！ずっと NTT は「ガラパゴス」で良いよ、もう。

（自分に対して）ムカついたのは、前回苦労したので、その経験で今回は楽勝と思ったが、そうはならなかったこと。運が悪いのか、私の技術力不足なのか... 多分両方でしょう (T^T)

以下は、構築した時 R と OS 環境。

> sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10.5 (Yosemite)

locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.1


何が悪かった？


左のように パッケージイストーラから、もしくは install.packages("rjags") でインストールしても、library(rjags) でエラーになりロードできない。

もしかし私の手順ミスで、この方法でも上手くいったかもしれない。しかし、欲しいのはバージョン 3-15 ではないので、この方法ではダメだと早々に諦めた。

JAGS サイトの download ページから、現在最新のバージョン（今回は JGS-4.0.1.dmg）をダウンロード。ダウンロードしたファイルを展開すると "JAGS-4.0.1" でマウントされる）。その中に JAGS-4.0.1.mpkg がクリックしてインストール。

考察：誤解しているかもしれないが、インストールで以下のファイルがインストールされたと考える。

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rjags/libs/rjags.so

この後、インストールしていた rjags 3-15 をロードしても同様に失敗。

そして気づいたのが、rjags 4.x のダウンロードサイトの以下のコメント

これで、R のパッケージインストールに 3-15 しか見えない理由が分かった。ダウンロードしたパッケージでインストールするしかない。

以下のように、RStudio でダウンロードした rjags_4-3.tgz ファイルをインストールした。

注意：この方法は初めで若干戸惑った。何度かファイルを指定するも、選択されない状態が続いた。理由は、パッケージのリポジトリサイトへの接続できないためと憶測。

ところが、以下の「警告メッセージ」に悩む。

> install.packages("~/Downloads/rjags_4-3.tgz", repos = NULL, type = .Platform$pkgType)
 警告メッセージ: 
 read.dcf(file = tmpf) で: 
   圧縮されたファイル '/var/folders/ff/k9f3fbxj73j1ytc2_zh14bzc0000gn/T//RtmpxqZBnu/file37c6a02e34a' を開くことができません, 理由は 'No such file or directory' です 

実は「警告メッセージ」ではなく「エラー」と思った。だって「赤色文字」だったから。何度かインストールをやり直すも、この「警告」は消えず。「ま、やってみよう」と library(rjags) でロードしたところ問題はない。

何が悪かったのかハッキリしない点もあるが、次の「実行例」のように、今のところは特に問題がないので良しとするしかない。


実行例

本書提供のスクリプト BernBetaJagsFull.R を実行。前回の環境で実行した時とは値が若干が異なるが、ほぼ同じ結果。